做火龙灸最佳的时间段，如果按年计算应该为三九天和三伏天，也可在春分和秋分。三九天常指从冬至逢壬日算起的第3个寒天，三伏天常指出现在小暑与处暑之间，一年中气温最高且又潮湿、闷热的时段。如果按天计算，通常在上午9-11点做火龙灸，效果会较好。
1、按照年计算：火龙灸与其他艾灸有一定差别，普通的艾条灸或艾灸，火力较为温和，而火龙灸由于灸的时间长、面积大，补充人体阳气的作用也相对较强，所以容易导致上火。在三九天时，人体的阳气相对较为虚弱，而外界寒气较盛，此时做火龙灸，则不容易导致上火，且补充阳气的效果较为理想，可以缓解较多寒性疾病，也可以起到预防的作用。在三伏天做火龙灸，对阳气不足或寒邪升伏，以及病程较长的慢性疾病，治疗效果会较好，因为可以借助自然界的阳气进行温阳散寒，可以使人体潜伏的寒邪驱赶出体外。另外，由于春分、秋分主要为阴阳转换的季节，此时做火龙灸，对人体内的阳气有一定的保健作用；
2、按照天计算：如果按天进行计算，通常在9-11点做火龙灸相对较好，因为此时为人体阳气生发最佳的时候，且离早饭和中午饭均有一段时间，不会影响肠胃功能，效果也较好。但通常不建议在晚上进行火龙灸，因为容易引起失眠。